Mubes ke 29 tahun 2000 di Istora Senayan Jakarta menghasilkan susunan pengurus Periode TAHUN 1999 – 2003. sebagai berikut:
Ketua Umum : Pdt.A.H.Mandey-Jakarta
Ketua : Pdt.DR.M.D.Wakkary- Medan
Ketua : Pdt.H.O.H.Awuy-Manado.
Ketua : Pdt. Y.K.Siwi- Palembang
Ketua : Pdt.R.Tim Kastanya-Bogor