Pada waktu Perang Dunia II dan masa Revolusi Kemerdekaan (1943–1946) keempat gereja yang ada, yaitu :
1. De Pinkster Vrengd (Ngupasan – Johan Vander Lip)
2. Pinkster Zending (Sosrowijayan – Piet Vander Lip)
3. De Pinkster Gemeente (Toegoe Koelon – Theunsi Andriese)
4. De Pinkster Gemeente (Lempuyangan Wangi – Christ Van Tiel), Bergabung menjadi satu dibawah pimpinan Pdt. The Kiem Koei. Sejak itu hanya ada 2 Gereja Pantekosta :
1. di Jalan Lempuyangan Wangi 15
2. di Jalan Toegoe Koelon 28, dan dipimpin oleh Pdt. Yoe Tjien Gwab dan bersama Pdt. The Kiem Koei.
Sejak tahun 1946 didirikan Majelis Gereja Pantekosta Yogyakarta. Antara tahun 1955–1958 jemaat gereja di Jalan Hayam Wuruk no. 15 berkembang pesat hingga gedung gereja tidak mampu lagi menampung jemaat, kemudian dibentuk Panitia Pembangunan Gereja dan berhasil membeli tanah di Hayam Wuruk no. 20 dan dibangun gedung gereja. Peletakan batu pertama pada tahun 1954–1959 dan pada 13 Desember 1959 gedung gereja di Jalan Hayam Wuruk no. 20 ditabiskan oleh Pdt. E. Lesnusa.
GPdI Tugu Diponegoro. Surat Keputusan Kepala Daerah DIY tanggal 14 Februari 1974 no. 66/1974 tertanda Paku Alam VII, tentang pemberian HGB atas tanah bekas RVO (Recht Van Opstal) no. 452 di Jalan Diponegoro no. 28 kepada Majelis Gereja Pantekosta di Indonesia. Kemudian timbul masalah/sengketa, ada pihak yang keberatan dengan pemberian HGB tersebut. Sengketa ini memakan waktu cukup lama, kurang lebih 20 tahun. Dimulai sengketa di Pengadilan Negeri, kemudian banding di Pengadilan Tinggi lalu kasasi di Makhamah Agung. Keputusan M.A. atas perkara : Reg. No. 554K/PDT/1987 pada tanggal 8 Februari 1995 adalah : Surat Keputusan Kepala Daerah DIY tanggal 14 Februari 1974 no. 66/1974 adalah sah. Maka dikeluarkan Sertifikat HGB no B 119/Gow tgl 31 mei 1995 atas nama Majelis Gereja Pantekosta di Indonesia. Gereja Pantekosta Jalan P. Diponegoro no. 28 ada di bawah Yayasan Majelis Gereja Pantekosta di Indonesia.