Pada tahun 1941, Pdt.D.Sinaga keluar dari ‘de Pinksterkerk in Nederlandch Indie’ dan mendirikan Gereja Pantekosta Sumatera Utara.
Tahun 1942 – 1947. Dengan pecahnya Perang Dunia ke II, dan sesudah perang dunia II, pimpinan GPdI adalah Pdt.H.N.Runkat menggantikan Rev.Van Gessel karena gerakan nasionalisme. Pimpinan organisasi tersebut kemudian diserahkan kepada putera-putera Indonesia dan disebut Badan Pengoeroes Oemoem (B.P.O) dengan susunan personalia sebagai berikut :