Setelah Pdt.N.J.Sumual dipanggil Tuhan tahun 1996, maka ketua STT El Shaddai Manado dipimpin oleh pdt.Dr.Markus Daniel Wakkary sampai saat ini. Seluruh warga STT-ISTTI dan pimpinan yayasan generasi muda El Shaddai sangat bersyukur kepada Tuhan dan berterima kasih karena walaupun Pdt.M.D.Wakkary banyak kesibukan dan berdomisili di Medan tetapi beliau bersedia memimpin Institusi Teologi ini meneruskan visi almarhum. Bersyukur pada Tuhan karena pada akhirnya GPdI secara organisasi dapat menyadari visi ini sehingga berdirilah Sekolah Tinggi Alkitab Batu, Malang, Jember Bible College, Sekolah Tinggi Alkitab Bandar Lampung, Sekolah Tinggi Alkitab Airmadidi dan menyusul di Kiawa Minahasa, sulut sebagai salah satu Fakultas Teologi Misi dari Universitas Pantekosta Josua. Ladang sangat luas, padi sudah menguning, siap dituai dan membutuhkan lebih banyak penuai yang penuh Roh dan berpengetahuan.
Sejak berdirinya sampai sekarang ini, STT El Shaddai telah meluluskan mahasiswa sebanyak 278 wisudawan yang terdiri dari:
1. Untuk Program Diploma (S0) sebanyak 109 wisudawan.
2. Untuk Program Sarjana Teologi (S1) sebanyak 156 wisudawan
3. Untuk Program Master Of Theologi (S2) sebanyak 12 wisudawan.
4. Untuk Program Doktor (S3) sebanyak 3 wisudawan bekerjasama dengah Institute Seminary Theologia Florida. Peraih program doktor ini adalah Pdt.Dr.M.D.Wakkary,DD, DLitt, DTh, Pdt.Dr.Th.Karuniadjaja (alm), Pdt.Dr.E.N.Soriton (alm).
Lulusan STT El Shaddai Manado telah banyak yang dipakai Tuhan, baik menjadi gembala sidang, penginjil, menjadi guru sekolah Alkitab, bahkan beberapa diantaranya telah menjadi pimpinan sekolah Alkitab serta telah menjadi pimpinan organisasi gereja diluar denominasi GPdI. Lulusan STT El Shaddai telah tersebar diseluruh pelosok Nusantara bahkan sampai ke luar negeri menjadi gembala sidang seperti: Pdt.Moody N.Ratu di Los Angeles, Pdt.Hanny Suwuh di Seattle, Pdt.J.A.Ticoalu di Washington D.C.
Pada tahun berjalan telah dibuka School Of Ministry, Program Perkuliahan Jarak Jauh. Pada tahun 2002 direncanakan akan diaktifkan kembali perkuliahan Magister (S2), juga direncanakan pula bagi hamba-hamba Tuhan yang telah melayani lebih dari 6 tahun diberi kesempatan mengikuti kelas eksekutif dengan perkuliahan berbentuk paket baik materi maupun waktu.