Tahun 1953 – 1957. Dalam Musyawarah Nasional ke 17 di Langoan (Sulawesi Utara) Pengurus Pusat yang terpilih adalah:
Pdt.H.N.Runkat (Ketua) – Jakarta
Pdt.R.M.Soeprapto – Malang
Pdt.S.I.P.Lumoindong – Semarang
Tahun 1957 – 1961. Musyawarah Nasional ke 18 di Malang telah membentuk Pengurus Pusat baru sesudah meninggalnya Pendeta H.N.Runkat dengan susunan sebagai berikut:
Ketua: Pdt.E.Lesnussa
Wakil Ketua : Pdt.R.M.Soeprapto
Sekjen : Pdt.S.I.P.Lumoindong
Bendahara: Pdt.Kwee Hok To
Komisaris I: Pdt.W.W.Kastanya
Komisaris II: Pdt.L.A.Pandelaki
Komisaris III: Pdt.The Kiem Koei (R.Gideon Sutrisno)
Tahun 1959, Pdt.Ishak Lew keluar dan membentuk Gereja Pantekosta Pusat Surabaya.